Helvede bryder løs i efterretningsverdenen, da Jason Bourne truer med at afsløre adskillige uautoriserede programmer. Hvis ikke Bourne bliver stoppet, vil hovederne rulle, og den pensionerede oberst Eric Byer har ikke tænkt sig, at hans skal være et af dem. Kun et rent tilfælde redder agenten Aaron Cross fra døden. Han går under radaren og dukker først op igen, da han forhindrer et fingeret selvmord på forskeren Dr. Marta Shearing, der har foretaget tests på Outcome-agenterne. Cross og Shearing har ikke megen grund til at stole på hinanden, men de behøver hinanden for at holde sig et skridt foran Byer, der har hele efterretningsverdenens netværk til sin rådighed i jagten.
Abonnér på 'Nyheder fra Filminstituttet' og få seneste nyt om dansk film og Filminstituttets aktiviteter i din indbakke. Nyhedsbrevet udkommer 3-4 gange om måneden.