Serien Generator Rex foregår i en science fiction-fremtid, hvor alle levende væsner er inficeret med små maskiner, kaldet nanitter. De omformer nogle mennesker og dyr til destruktive monstre EVOer. Imod dem kæmper organisationen Providance, og den 15-årig dreng Rex er deres mest effektive kæmper. Han er selv fyldt med nanitter, men det giver ham blot evnen til at producere maskiner med sin krop. Med sig har han forskellige forbundsfæller, bl.a. chimpansen Bobo og agenten Seks. Hans mægtigste modstander er Van Kleiss, der bor i paralleluniverset Abysus.
De 4 DVDer i første serie indeholder følgende afsnit: "Og så var slt anderledes", "Zombie-nat i New York", "I havets vold", "Kaos i junglen", "Arkitekten", "Forfrysninger", "Bandens anfører", "Jægeren", "Breach", "Når mørket sænker sig", "Heksekedlen", "Operation gallafest", "Revl og Krat", "Dybt at falde", "Abysus tur retur", "Sværmen", "Rex på kampskole", "Udbruddet", "Et spinkelt håb", "Gengæld".